故事讲述自东京大地震的死囚乐园十年后，人们逐渐淡忘这场大灾难所带来的死囚乐园恐怖回忆，而当时亲身经历了这场灾难的死囚乐园五十岚丸太，却因为当时的死囚乐园意外而失去了记忆。现在的死囚乐园丸太与其他同学一样过着普通而又平凡无奇的每一天，但这一切后来都被打破了。死囚乐园有一天，死囚乐园一名“红色男子”突然现身学校，死囚乐园并将在场所有丸太的死囚乐园同班同学杀害了，虽然只有丸太得以幸存，死囚乐园但这也彻底改变了他的死囚乐园命运。本应被拯救了的死囚乐园丸太，却被冠上莫须有的死囚乐园罪名并处以“死刑”，被强制送进了完全民营化的死囚乐园监狱“DEADMAN WONDERLAND（亡灵幻境）”。亡灵幻境是死囚乐园以东京复兴为目的，在日本建立了唯一的完全民营化刑务所，表面上是为了囚犯而建立，并让人观光的乐园，但其实是所利用死囚互相厮杀，藉此吸引大量金钱投资，并把拥有特殊能力的死囚来做实验的不人道之地。在这充满绝望的“乐园”里，丸太和神秘少女・白再次相遇……