《沉默》改编自著名日本作家远藤周作的沉默同名小说。故事发生在德川幕府时代禁教令下长崎附近的沉默小村子，一个葡萄牙耶稣会的沉默教士偷渡到日本传教，并调查恩师因遭受「穴吊」酷刑而宣誓弃教一事，沉默因为这事在当时欧洲人的沉默眼中，不只是沉默个人的挫折，同时也是沉默整个欧洲信仰、思想的沉默耻辱和失败。在传教与寻访的沉默过程中，信仰与反叛、沉默圣洁与背德、沉默强权与卑微、沉默受难与恐惧、沉默坚贞与隐忍、沉默挣扎与超脱……所有的沉默两难情境都面临了，逼迫着他对基督的信仰进行更深层且更现实的思索，最终，他彷佛也走过一趟恩师的心路历程，拥有自己对信仰的诠释与实践。