工藤新一是名侦全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，探柯击晕后喂了神奇的名侦药水，工藤新一变回了小孩！探柯新一找到了经常帮助他的名侦阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。探柯为了防止犯罪团伙对他进行报复，名侦新一决定隐姓埋名，探柯暗中追查他们，名侦希望能得到解药。探柯一日，名侦新一 的探柯女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的名侦新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。探柯小兰的名侦父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！